Benoit Fauconneau

Responsabilités

Animation et administration de la recherche

• Secrétaire Exécutif AllEnvi 2012-2017

• Président Centre Bordeaux Aquitaine / Délégué Régional 2004-2012

• Chef de Département (Hydrobiologie Faune Sauvage) 1998–2004

• Chef Département Adjoint (Hydrobiologie Faune Sauvage) 1997

• Responsable équipe Croissance et qualité des poissons 1994-1997

Principales activités d’expertise et évaluation actuelles

• Animateur du Comité de Pilotage Scientifique AllEnvi (2012-2017)

• Comités nationaux sur les infrastructures nationales de recherche : Animateur du Groupe infrastructure AllEnvi (2012-2017),  Membre Comité Environnement sur la Feuille de route nationale et européenne, Groupe de préparation du CD TGIR (2013-2017), Comité de Structures Légales chargé du suivi des infrastructures européennes ESFRI. (depuis 2014-2017)

• Membre CPS ANR Défi 5 « Sécurité Alimentaire &  défi démographique » (2013-2017)

• Membre Comité Utilisateurs Métabohub (depuis 2014 - )

• Membre Section Veille et Prospective CESER Aquitaine (2006-2018)

Thèmes de recherche

Le projet scientifique actuel porte sur la Diversité de l’utilisation métabolique des nutriments  selon deux approches globales complémentaires.

• Etude des réseaux métaboliques par des approches de métabolomique. Cette approche a été initiée en collaboration avec la plate forme métabolomique de Bordeaux permet de mettre en œuvre des méthodes complémentaires d’analyse (RMN du proton, RMN 13C, RMN2D, Spectrométrie de masse) et de mettre au point des méthodes non invasives. Ces méthodes permettent d’appréhender les grandes voies et les réseaux métaboliques chez la truite arc en ciel dans des contextes nutritionnels variés lié au développement de nouveaux aliments. Cette dernière approche est actuellement mise en œuvre pour caractériser les adaptations métaboliques des poissons aux aliments à base de matière première végétale et de nouvelles matières premières alternatives (micro algues, levures, insectes);
• Meta-analyse des données de la littérature sur les traits caractéristiques d’alimentation. Il s’agit de constituer une base de données accessible à la communauté scientifique sur les traits caractéristiques d’alimentation et de croissance des espèces de poisson d’élevage. Les traits caractéristiques ont été identifiés par un groupe d’expert (biologie et gestion des connaissances). Les informations sont actuellement collectées par des approches de text-mining sur l’ensemble de la littérature disponible. Elles seront exploitées pour dégager une typologie des stratégies nutritionnelles.

Encadrement

Simon ROQUES Thèse CIFRE (Phileo Lesaffre)

Pauline WISCHHUSEN These E2S UPPA

Projets

Partenariat

• Plate forme métabolomique de Bordeaux UMR 1319 Biologie du Fruite et Pathologie pour les approches de métabolomique.

• Pôle gestion des connaissances IST DV INRA pour l’accompagnement de la démarche text mining.

Projets en cours

• Projet FUI NINAQUA : de Nouveaux Ingrédients pour de Nouveaux Aliments aQUAcoles  2015-2019.

• Projet CIFRE avec Lesaffre Industrie SA Développement d’approches de métabolomique intégrative en alimentation des poissons : adaptation du métabolisme aux nouveaux aliments piscicoles basés sur des matières premières végétales et alternatives chez la truite arc en ciel

Publications

Publication

• Roques S., Debordes C., Richard N., Sergent L., Kurz F., Skiba-Cassy S., Fauconneau B., Moing A. 2018 Characterizing alternative feeds for rainbow trout (O. mykiss) by 1HNMR metabolomics. Metabolomics (in press)
• Roques S., Debordes C., Richard N., Skiba-Cassy S., Moing A. Fauconneau B. 2018. Metabolomics and fish nutrition : a review in the context of sustainable feed development. Reviews in Aquaculture, 1-22.
• Gatesoupe FJ.; Fauconneau B.; Deborde C.; Madji Hounoum B.; Jacob D.; Moing A.; Corraze G.; Médale F. 2018 Intestinal microbiota in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss, fed diets with different levels of fish-based and plant ingredients: A correlative approach with some plasma metabolites Aquaculture Nutrition, 24 1563-1576.

Congrès et Colloques Internationaux

• Roques S., Deborde C., Richard N., Skiba-Cassy S., Moing A., Fauconneau B. 2018 1H-NMR Metabolomic investigation of the effect of alternative diets on rainbow trout plasma profiles, AQUA 2018, 25th-29th August 2018, Montpellier, France
• Wischhusen P., Parailloux M., Briens M., Geraert PA., Prabhu AJ., Kaushik SJ., Fauconneau B., Fontagné-Dicharry  S. 2018 Effect of organic and inorganic dietary selenium supplementation on the oxidative status in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) broodstock, AQUA 2018, 25th-29th August 2018, Montpellier, France
• Roques S.,.Deborde C, Richard N., Skiba-Cassy S., Moing A., Fauconneau B. 2018 Metabolomics application : profiling novel aquaculture feeds and assessing their impacts on rainbow trout (O. mykiss) plasma, EUROMAR, 1st-5th July 2018, Nantes, France
• Deborde C., Madji Hounoum B., Jacob D., Maucourt M., Roques S., Terrier F., Gatesoupe FJ., Corraze G., Médale F., Skiba-Cassy S., Moing A., Fauconneau B. 2018 NMR-based metabolomics workflow for characterization and effect assessment of alternative plant-based diets on plasma and microbiote in rainbow trout EUROMAR, 1st-5th July 2018, Nantes, France
• Roques S., Deborde S., Richard N., Skiba-Cassy S., Moing A., Fauconneau B. 2018 Integrative 1H-NMR metabolomic investigation of the effect of alternative diets on rainbow trout plasma, International Symposium of Fish Nutrition and Feeding, 3rd-7th June 2018, Las Palmas de Gran Canaria Canary Island, SPAIN
• Wischhusen P., Briens M., Geraert PA., Bouyssiere B., Bueno M., Mounicou S., Prabhu PAJ., Skjærven K., Kaushik SJ., Fauconneau B., Fontagné-Dicharry S. 2018 Effect of dietary inorganic and organic selenium supplementation on reproduction and egg quality in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) International Symposium of Fish Nutrition and Feeding, 3rd-7th June 2018, Las Palmas de Gran Canaria Canary Island, SPAIN
• Deborde C., Madji Hounoum B., Maucourt M., Jacob D., Terrier F., Corraze G., Médale F.,  Fauconneau B., Moing A. 2018 NMR-based metabolomics: a useful tool in aquaculture feed development 14th MRFOOD Magnetic resonnance in food science 17th - 21st September, 2018. Rennes
• Deborde C., Madji Hounoum B., Jacob D., Maucourt M., Roques S., Terrier F., Corraze G., Médale F., Skiba S., Moing A., Fauconneau B. 2017 Development of NMR-based metabolomics for quality and effect assessment of alternative plant-based diets in rainbow trout. 10th Metabomeeting - 11th-13th December 2017 Birmingham, UK
• Roques S., Deborde C., Moing A., Skiba S., Richard N., Burel C., Marchand Y.,  Fauconneau B. 2017 Evaluation of alternative diets for farmed rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) by 1H-NMR metabolomics . Aquaculture Europe 2017 EAS Congress 17th-20th October 2017, Dubrovnic, Croatia
• Deborde C., Moing A., Joubert V., Madji-Hounoum B., Jacob D., Maucourt M., Larroquet L., Corraze G., Médale F., Fauconneau B. 2015 Development of metabolomics approaches for quality assesment of plant-base diet in rainbow trout. Aquaculture Europe 2015 EAS Congress 20-23 oct., Rotterdam NL
• Deborde C, Madji Hounoum B., Maucourt M., Moing A., Larroquet L.,, Corraze G., Médale F., Fauconneau B. 2013 Combined NMR-based metabolomic analyses in trout nutrition studies. 9th Annual International Meeting of the Metabolomics Society. 1-4 Jul 2013, Glasgow, UK

Congrès et Colloques Nationaux

1. Joubert V, Madji HounoumB., Deborde C., Maucourt M., Moing A., Larroquet L., Corraze G., Médale M., Fauconneau B. 2015  Evaluation des conséquences métaboliques de deux régimes alimentaires sur la composition des extraits lipidiques de foie et de muscle de truite « arc-en-ciel » par une approche de RMN métabolomique 9ème Journées Scientifiques RFMF Réseau Français Métabolomique et Fluxomique 9-11 juin 2015 Lille (Poster)
2. Fauconneau B., Teletchea F., Andro M., Mader C., Lebail PY., Bugeon J., Geurden I., Kaushik S., Chatain B., Baroiller JF., Bardonnet A., Begout ML 2015 Typologie des stratégies d’alimentation chez les poissons d’élevage : constitution d’une base de méta-données. Séminaire diversification Nancy 13 mai 2015 (Communication)
3. Fauconneau B., Teletchea F., Andro M., Mader C., Lebail PY., Bugeon J., Geurden I., Kaushik S., Chatain B., Baroiller JF., Bardonnet A., Begout ML., 2014 Typologie des phénotypes nutritionnels chez les poissons d’élevage : constitution d’une base de méta-données. Journées Recherches Filière Piscicoles, Paris 2-4 juillet 2014 (Communication)
4. Madji Hounoum B., Deborde C., Maucourt M., Moing A., Larroquet L., Corraze G., Médale F., Fauconneau B. 2013 Evaluation des conséquences métaboliques de deux régimes alimentaires chez la truite arc-en-ciel par une approche métabolomique 7ème Journées Scientifiques RFMF Réseau Français Métabolomique et Fluxomique 10-12 juin 2013 Amiens (Poster & Communication)